毛细管电泳仪以毛细管作为分离通道，通过高压直流电场驱动带电粒子进行迁移。样品中的分子由于带电量不同，在电场作用下产生不同的迁移速度，从而实现分离。
在毛细管内，带正电或负电的分子在电场的作用下分别向相反方向移动。这种迁移运动是由于分子表面负荷、电场强度和周围流体动态粘度等因素共同作用的结果。
分离后的分子可以在分离通道末端被检测到，常用的检测器包括光谱检测器、质谱检测器等。这些检测器可以实时记录分子的迁移时间和位置，生成电泳图谱。
全自动毛细管电泳仪具备自动进样、灌胶、清洗等功能，能够显著提高检测效率和准确性。例如，某些系统可以在数分钟内完成多个样本的分析，并具有高分辨率和灵敏度。
高分离效率：利用毛细管电泳技术，可以实现对生物分子的高效分离，分离效率高，分辨率好。
自动化程度高：从样品注入、电泳分离到检测和数据处理，整个过程高度自动化，减少了人工操作，提高了工作效率。
样品消耗量小：由于毛细管电泳的微量特性，样品和试剂的消耗量相对较小，适合珍贵样品的分析。
操作简便：用户界面友好，操作步骤简化，易于学习和使用，即使是非专业人员也能快速掌握。
分析速度快：与传统的分析方法相比，全自动毛细管电泳仪的分析速度更快，可以在短时间内完成大量样品的分析。
灵敏度高：配备高灵敏度的检测器，如激光诱导荧光检测器或紫外-可见吸收检测器，可以检测到极低浓度的样品。
重复性好：自动化操作减少了人为误差，提高了实验的重复性，确保了结果的可靠性。
多模式检测：支持多种检测模式，如紫外检测、荧光检测、电化学检测等，可以根据不同的分析需求选择合适的检测模式。
数据管理能力强：配备强大的数据处理软件，可以进行复杂的数据分析和处理，包括定性分析、定量分析、峰值识别、峰值积分等。
灵活性和可扩展性：可以根据需要添加或更换不同的检测器、进样器等部件，以适应不同的分析需求。
环境友好：由于样品和试剂消耗量小，以及自动化操作减少了化学废物的产生，对环境的影响较小。
维护简单：仪器设计考虑了维护的便利性，定期的维护和清洁操作简单，降低了维护成本。
应用范围广：全自动毛细管电泳仪可以应用于多个领域，包括生物化学、分子生物学、临床诊断、药物分析、食品安全检测等。
结果可追溯性：实验数据可以被记录和存储，方便后续的查询和审计，提高了实验结果的可追溯性。
网络连接能力：一些全自动毛细管电泳仪支持网络连接，可以实现远程监控和数据分析，提高了实验室的信息化水平。
高效分离能力：全自动毛细管电泳仪能够根据样品中各组分的淌度和分配行为上的差异实现高效分离，适用于多种生物分子的分离，如蛋白质、核酸、糖类等。
自动化操作：仪器通常支持全自动原始管上样，实现一键全自动分析，过程中无须人为干预，减少了操作的复杂性和潜在的人为错误。
高分辨率和灵敏度：能够准确分离多种蛋白及其变异体，有效识别异常病理性信号。一些系统能够达到高分辨率，例如糖蛋白的毛细管凝胶电泳，分辨率＜200Da。
智能化分析：智能化辅助判读功能，异常结果自动提示，提高人员工作效率。软件功能通常包括人性化操作接口，可同时进行定性及定量分析。
多功能性：适配多种血清、血红蛋白相关检测项，满足不同临床检验需求。一些仪器能够开展血清蛋白电泳、血清免疫分型、血红蛋白电泳、糖化血红蛋白等临床检验项目。
灵活性：可拓展外接加样器，兼容触屏或PC操作模式，适应不同通量需求的应用场景。
微量样品消耗：全自动毛细管电泳仪通常只需要极小量的样品，这对于珍贵的生物样本尤为重要。
数据结果的分辨率、重复性和定量准确度：使用先进的检测器，如512像素光电二极管阵列检测器，可以通过每次分析捕获更大的数据量，并且强大的信号处理算法可消除背景噪声，使得每个组分都可以得到分离和量化。
自诊断功能：连续监测毛细管和缓冲液条件，确保数据质量。例如，可以监控电渗流（EOF）的问题，优化毛细管条件和其他参数，从而在可重复性，分离度和定量方面产生明显优异的数据。
广泛应用：全自动毛细管电泳仪在生命科学、医药科学、化学等领域有广泛的应用，包括但不限于临床检验、药物分析、食品安全、环境监测等。
兼容多种检测方法：可以与紫外吸收、荧光和质谱法等各种检测方法兼容，增加了分析的灵活性和准确性。
操作简便：全自动毛细管电泳仪通常设计为用户友好，简化了操作流程，使得用户能够快速上手并进行分析。
高通量测序（NGS）质控：全自动毛细管电泳仪在NGS流程中作为质控仪器，用于对提取的核酸、片段化核酸以及上机前的文库等进行质量控制。
临床医学：在临床医学中，全自动毛细管电泳仪被广泛应用于血红蛋白分析、血清蛋白电泳、免疫分型、糖化血红蛋白检测等项目，为疾病的筛查和诊断提供重要依据。
蛋白质和肽的研究：该技术用于蛋白质纯度和鉴定，通过检测蛋白质的迁移速度和距离来确定其纯度和相对分子质量。
环境分析：毛细管电泳在环境分析中的应用包括污染物的检测和分析，具有操作简单、分析时间短、分辨率高等优点。
食品安全：在食品安全领域，全自动毛细管电泳仪用于检测食品中的有害物质和添加剂，确保食品安全。
药物研发及质量控制：在药物研发过程中，该技术用于药物成分的分离和分析，同时在药品的质量控制中也发挥重要作用。
基因组学研究：全自动毛细管电泳仪在基因组文库制备、PCR产物分析、DNA片段及序列分析等方面有广泛应用。
微生物分离与检测：该技术可用于分离和检测细菌、病毒、真菌等微生物，不需要额外的纯菌种培养，直接分析样品即可。
代谢组学与临床研究：在代谢组学和临床医学研究中，全自动毛细管电泳仪用于复杂药物分析、代谢物分析及疾病机理研究。
农业育种：在农业育种中，该技术用于反向遗传学辐射或化学诱变突变体筛查等多种用途。