内窥镜取石球囊的工作原理主要基于其在内窥镜引导下进行的操作。具体来说，医生首先通过麻醉使患者进入昏迷状态。然后，利用内窥镜将一个可以储存水或气体的球囊放入胆囊或胆管中。当球囊被充气或注满水后，它会膨胀并扩大胆囊或胆管的腔体。
这种膨胀有助于更好地定位和固定结石，从而便于将其取出。此外，在某些情况下，球囊还可以用于堵塞胆管以注入造影剂，以便更清晰地观察胆道系统。整个过程通常是在无菌条件下进行，并且一次性使用的取石球囊设计避免了交叉感染的风险。
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