清肠器的原理主要是利用水流或气泡的冲击力和压力，通过肛门进入肠道，将肠道内的废物和毒素冲刷出来。水冲式清肠器通过水流的作用，将废物冲刷出肠道；气泡式清肠器则是通过气泡的冲击力将废物推出肠道；电动式清肠器则利用电动机的驱动，产生水流或气泡，以达到清洁肠道的效果。
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