１、高频率高强度ｒＴＭＳ，使神经兴奋增加，低频刺激的作用则相反。ＴＭＳ通过神经内部的联系，双向调节大脑神经兴奋与抑制功能之间的平衡，产生长效影响。
２、ＴＭＳ对神经递质和受体作用，生多巴胺（ＤＡ）５—羟色胺（５—ＨＴ）、谷氨酸增加，并调制受体的敏感性。
３、对基因表达的影响，ＴＭＳ引起皮质较广泛的ｃ—ｆｏｓ基因表达增加，转录因子ＣＲＥＢ磷酸化、ｍＲＮＡ表达增加。
４、对脑血流、代谢、内分泌的影响，影响脑垂体、肾上腺轴的功能，使大脑应急能力增加。
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